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生物信息学

作者:樊龙江
出版社:浙江大学出版社出版时间:2017-09-01
开本: 32开 页数: 517页
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生物信息学 版权信息

生物信息学 本书特色

本书阅读对象为本科、研究生和从事生物学及其相关专业领域(如医学、农
学等)科研与开发人员等,可以作为生物信息学专业学生的入门教材和非生物信
息学专业学生和科研工作者的基础教材。本书共分为四部分:生物信息学基础
(*篇)、高通量测序数据分析(第二篇)、生物信息学外延与交叉(第三篇)和生
物信息学资源与实践(第四篇)。各篇内容:(1)作为生物信息学的基础篇,*
篇包括8章内容,涵盖序列数据产生、分子数据库、序列联配算法、基因预测、系统
发生树构建和蛋白质结构预测等。同时也涵盖了生物信息学计算机基础部分,
包括操作系统、主要编程语言等。该篇主要目的是使初学者掌握生物信息学的
基本概念和主要方法。(2)第二篇为高通量序列数据分析,主要针对目前第二代本书阅读对象为本科、研究生和从事生物学及其相关专业领域(如医学、农
学等)科研与开发人员等,可以作为生物信息学专业学生的入门教材和非生物信
息学专业学生和科研工作者的基础教材。本书共分为四部分:生物信息学基础
(*篇)、高通量测序数据分析(第二篇)、生物信息学外延与交叉(第三篇)和生
物信息学资源与实践(第四篇)。各篇内容:(1)作为生物信息学的基础篇,*
篇包括8章内容,涵盖序列数据产生、分子数据库、序列联配算法、基因预测、系统
发生树构建和蛋白质结构预测等。同时也涵盖了生物信息学计算机基础部分,
包括操作系统、主要编程语言等。该篇主要目的是使初学者掌握生物信息学的
基本概念和主要方法。(2)第二篇为高通量序列数据分析,主要针对目前第二代
和第三代测序技术产生的核苷酸序列数据,涵盖基于高通量测序数据的基因组
拼接、基因组变异、转录组、非编码RNA、甲基化和宏基因组等生物信息学分析原
理和技术。(3)第三篇为生物信息学外延与交叉,介绍了与生物信息学紧密相关
的四个生物学领域:系统生物学、群体遗传学、数量遗传学和合成生物学。(4)*
后一篇为生物信息学资源与实践篇,主要罗列了生物信息学主要相关术语、专业
词汇、数据库和公开软件等资源,并提供了8个生物信息学实验课程内容。上述
*篇和第四篇内容建议作为本科教学的基本内容,第二篇和第三篇可以作为
研究生和生物信息学专业学生教学内容。

生物信息学 内容简介

本书阅读对象为本科、研究生和从事生物学及其相关专业领域(如医学、农 学等)科研与开发人员等,可以作为生物信息学专业学生的入门教材和非生物信 息学专业学生和科研工作者的基础教材。本书共分为四部分:生物信息学基础 (一篇)、高通量测序数据分析(第二篇)、生物信息学外延与交叉(第三篇)和生 物信息学资源与实践(第四篇)。各篇内容:(1)作为生物信息学的基础篇,一 篇包括8章内容,涵盖序列数据产生、分子数据库、序列联配算法、基因预测、系统 发生树构建和蛋白质结构预测等。同时也涵盖了生物信息学计算机基础部分, 包括操作系统、主要编程语言等。该篇主要目的是使初学者掌握生物信息学的 基本概念和主要方法。(2)第二篇为高通量序列数据分析,主要针对目前第二代 和第三代测序技术产生的核苷酸序列数据,涵盖基于高通量测序数据的基因组 拼接、基因组变异、转录组、非编码RNA、甲基化和宏基因组等生物信息学分析原 理和技术。(3)第三篇为生物信息学外延与交叉,介绍了与生物信息学紧密相关 的四个生物学领域:系统生物学、群体遗传学、数量遗传学和合成生物学。(4) 后一篇为生物信息学资源与实践篇,主要罗列了生物信息学主要相关术语、专业 词汇、数据库和公开软件等资源,并提供了8个生物信息学实验课程内容。上述 一篇和第四篇内容建议作为本科教学的基本内容,第二篇和第三篇可以作为 研究生和生物信息学专业学生教学内容。

生物信息学 目录

绪论 **节 生物信息与生物信息学 一、迅速增长的生物信息 二、生物信息学的概念 第二节 生物信息学简史与展望 一、生物信息学发展简史 二、生物信息学技术的应用 三、生物信息学学科展望 第三节 本书的组织与使用 ***篇 生物信息学基础 第1-1章 生物信息类型及其产生途径 **节 生物信息的类型 第二节 DNA测序技术 一、**代测序技术 二、第二代测序技术 三、第三代测序技术 第三节 高通量测序技术的应用 一、DNA/RNA相关测序 二、蛋白质一DNA/RNA互作测序 三、甲基化/宏基因组测序 第四节 蛋白质序列及其结构测定 一、蛋白质序列与蛋白质互作测定 二、蛋白质结构测定 第1-2章 分子数据库 **节 分子数据库概述 一、分子数据库概念 二、数据库记录格式 三、数据库冗余、序列递交和检索 第二节 核苷酸及其相关数据库 一、DNA/RNA序列数据库 二、基因组数据库 三、非编码RNA数据库 第三节 蛋白质及其相关数据库 第四节 代谢途径等专业数据库 一、代谢途径数据库 二、代谢组学数据库和表型数据库 第1-3章 两条序列联配算法及序列搜索 **节 序列联配基本概念 第二节计分矩阵 一、计分矩阵的一般原理 二、氨基酸替换矩阵 三、位置特异性计分矩阵(PSSM) 第三节 两条序列联配算法 一、Needleman-Wunsch算法 二、Smith-WaterTnan算法 第四节 BLAST算法及数据库搜索 一、BLAST算法 二、利用BLAST 进行数据库序列搜索 三、序列相似性的统计推断 第1-4章 多条序列联配算法及功能域分析 **节 多序列联配概念及其算法 一、多序列联配概念 二、多序列全局联配算法 三、多序列局部联配算法 第二节 蛋白质序列功能域分析与模型 一、功能域概念 二、功能域模型 第三节 熵与信息量 一、不确定性与信息量 二、信息熵的应用 第1-5章 基因预测与功能注释 **节 基因组序列构成与基因预测 一、基因组序列的基本构成 二、基因预测及其基本方法 …… 第1-6章 系统发生树构建 第1-7章 蛋白质结构预测与药物设计 第1-8章 生物信息学计算机基础 *第二篇 高通量测序数据分析 第2-1章 基因组拼接与分析 第2-2章 基因组变异与分析 第2-3章 转录组分析 第2-4章 非编码RNA分析 第2-5章 甲基化与组蛋白修饰分析 第2-6章 宏基因组分析 第2-7章 蛋白质组分析 *第三篇 生物信息学外延与交叉 第3一1章 系统生物学 第3-2章 群体遗传学 第3-3章 数量遗传学 第3-4章 合成生物学 *第四篇 生物信息学资源与实践 第4-1章 生物信息学常用代码和关键词 第4-2章 生物信息学数据库和在线分析工具 第4-3章 生物信息学实验 第4-4章 生物信息学常用英文术语及释义 参考文献
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生物信息学 作者简介

樊龙江 浙江大学生物信息学研究所和作物科学研究所教授,生物信息学和作物遗传育种专业博士生导师。教育部“新世纪优秀人才支持计划”获得者,浙江省生物信息学学会副理事长,德国DAAD访问学者。自2000年起,直接参与浙江大学生物信息学学科筹建,为浙江大学第一批生物信息学专业导师。

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